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크로마틴 면역침강 시퀀싱(ChIP-seq)
ChIP-seq (Chromatin Immunoprecipitation Sequencing) 는 히스톤 변형, 전사 인자, 기타 DNA 결합 단백질의 표적 DNA를 전장 유전체 수준에서 분석할 수 있는 기술입니다. 이 기술은 특정 단백질-DNA 복합체를 선택적으로 회수하는 ChIP(크로마틴 면역 침강법)의 특이성과, 회수된 DNA를 고처리량으로 분석할 수 있는 차세대 시퀀싱(NGS) 기술을 결합한 것입니다.
응용 분야 (Applications)
ChIP-seq는 조절 메커니즘에 대한 통찰을 제공하며, 다음과 같은 맞춤형 연구 요구를 충족합니다:
- 전사 인자가 유전자 발현을 어떻게 조절하는지 이해하기 위해, 전장 유전체 수준의 결합 부위 프로파일링 및 모티프 분석 수행
- 실험 처리 또는 샘플 조건과 관련된 히스톤 변형 패턴 분석
- 통합 분석을 통해 후성유전체 정보와 전사 조절 간의 관계 탐색
- ChIP, CUT&Tag 등 다양한 방법을 활용한 여러 종류의 면역 침강 DNA 분석 지원
노보진 서비스의 장점 및 특징
- Q30 점수 ≥ 80% 이상의 시퀀싱 데이터 품질을 보장합니다.
- MACS2와 같은 업계 표준 도구의 최신 버전을 활용하여 모티프 예측, 피크 주석, 기능 분석, 시각화를 포함한 전문적인 생물정보학 분석을 제공합니다.
- ChIP-seq 데이터와 유전자 발현 간의 상관관계를 탐색하는 연관 분석을 제공합니다.
사양: DNA 샘플 요구사항
Sample Type | Required Amount | Fragment size |
Enriched DNA | ≥ 20 ng | Main peak of 100 bp-500 bp |
사양: 시퀀싱 및 분석
Platform | Illumina NovaSeq System |
Read Length | Pair-end 150 bp |
Sequencing Depth | ≥ 20 million read pairs per sample for the species with reference genome |
Standard Data Analysis |
• Data Quality Control |
프로젝트 진행 과정
노보진은 프로젝트의 모든 과정에서 최고 수준의 품질과 전문적인 서비스를 제공하여 연구자들이 신뢰할 수 있는 결과를 얻을 수 있도록 지원합니다. 모든 단계는 엄격한 과학적 기준에 따라 설계되고 수행되며, 시퀀싱 데이터의 정확성과 신뢰성을 보장하기 위해 철저한 품질 관리(QC) 절차가 적용됩니다.
전체 워크플로우는 샘플 준비 및 정량화, DNA 절단 및 라이브러리 제작, 라이브러리 품질 검증, 시퀀싱, 생물정보 분석 등의 주요 단계로 이루어져 있습니다.
Featured Publications using Novogene ChIP-seq Service
Nucleic acids researchIssue Date: 15 July 2019IF: 11.501 DOI: 10.1093/nar/gkz594
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Distribution of MAPQ
Plot of Strand Cross Correlation
Distance Distribution of Peaks to TSS
Motif Analysis
Peak Distribution in Functional Gene Regions
ChIP, GO Enrichment
KEGG Enrichment Scatter Plot
전장유전체 바이설파이트 시퀀싱