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원핵생물 RNA 시퀀싱
원핵생물 RNA 시퀀싱은 차세대 고처리량 시퀀싱(NGS) 기술을 활용하여 원핵생물 전사체를 분석하고, 코딩 및 비코딩 mRNA를 포함한 모든 전사체에 대한 데이터를 신속하고 체계적으로 획득할 수 있도록 합니다.
Stranded RNA 라이브러리를 활용한 원핵생물 RNA 시퀀싱은 전사체를 정밀하게 프로파일링하며, 전사체 발현 수준을 보다 정확하게 추정할 수 있도록 지원합니다.
응용 분야 (Applications)
- 원핵생물의 전사체 프로파일링
- 오페론(Operon), TSS(전사 시작점), 프로모터, UTR 예측
- Antisense 전사체 예측 및 sRNA 분석을 통한 RNA 조절 메커니즘 탐색
노보진 서비스의 장점 및 특징
- Novogene는 다양한 종에 효과적인 최적화된 rRNA 제거 방법을 활용하여 고품질의 원핵생물 RNA 라이브러리를 구축합니다.
- 유전자 발현 정량 분석 외에도, 당사의 표준 분석에는 유전자 구조 분석 및 기능 주석이 포함되어 있으며, 연구자의 목적에 맞춘 맞춤형 분석도 제공됩니다.
사양: RNA 샘플 준비 지침
Library Type | Sample Type | Amount | RNA Integrity Number (Agilent 2100) | Purity (NanoDrop) |
Prokaryotic RNA Library | Total RNA | ≥ 500 ng | ≥ 6.0, smooth base line | A260/280 ≥ 2.0; A260/230 ≥ 2.0 |
사양: 시퀀싱 및 분석
Sequencing Platform | Illumina NovaSeq System |
Read Length | Paired-end 150bp |
Recommended Data Amount | ≥ 2Gb raw data per sample for the species with reference genome |
Content of Data Analysis |
• Data Quality Control |
프로젝트 진행 과정
노보진은 프로젝트의 모든 과정에서 최고 수준의 품질과 전문적인 서비스를 제공하여 연구자들이 신뢰할 수 있는 결과를 얻을 수 있도록 지원합니다. 모든 단계는 엄격한 과학적 기준에 따라 설계되고 수행되며, 시퀀싱 데이터의 정확성과 신뢰성을 보장하기 위해 철저한 품질 관리(QC) 절차가 적용됩니다.
전체 워크플로우는 샘플 준비 및 정량화, DNA 절단 및 라이브러리 제작, 라이브러리 품질 검증, 시퀀싱, 생물정보 분석 등의 주요 단계로 이루어져 있습니다.
Distributions of Gene Expression Levels
다양한 조건에서의 유전자 발현 수준을 비교하기 위해, 각 샘플 간의 유전자 발현량과 FPKM 분포를 시각화하였습니다.
Note: 이 그래프는 FPKM 밀도 분포를 나타냅니다. X축은 log10 (FPKM+1), Y축은 **유전자 밀도(gene density)**를 보여줍니다.
Volcano Plot for Differentially Expressed Genes
Volcano Plot을 활용하여 Differentially Expressed Genes (DEGs)의 전체 분포를 시각적으로 분석합니다.
Note:
Red는 상향 조절된 유전자, Green은 하향 조절된 유전자, Blue는 유의하지 않은 유전자를 나타냅니다.
UTR Length Distributions
5′ 및 3′ UTR 서열은 전사 시작/종료 지점과 번역 시작/종료 지점을 기준으로 추출되며, 각각의 UTR 길이 분포가 시각화되어 있습니다.
Note:
X축은 UTR 길이 구간, Y축은 각 구간별 UTR 밀도를 나타냅니다. 점선으로 표시된 빨간색 선은 평균 UTR 길이를 나타냅니다.
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