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Visium FFPE 공간 전사체 분석
Visium Spatial Gene Expression for FFPE를 통해, 그동안 포르말린 고정 파라핀 포매(FFPE) 조직 절편에서 유전자 발현의 공간 분석을 가로막던 한계를 뛰어넘고, 샘플 속에 숨겨진 생물학적 통찰을 밝혀보세요.
이 기술은 조직학적 분석의 강점과 RNA 시퀀싱의 고처리량 분석 능력을 FFPE 샘플에 접목함으로써, 병리학 기반의 전통적인 분석을 한층 향상시켜 줍니다. 인간 및 마우스 FFPE 샘플에서 18,000개 이상의 유전자를 대상으로 조직 전체에 걸친 고해상도 RNA 발현 양상을 정밀하게 프로파일링할 수 있어, 유전자 발현 패턴에 대한 공간적인 통찰력을 제공합니다.
Visium HD는 공간 생물학의 새로운 시대를 여는 기술로, 검증된 전체 전사체 공간 분석을 단일세포 수준의 해상도로 끌어올립니다. 지속적인 조직 커버리지를 제공하고, 혁신적인 프로브 기반 화학 기술 및 Visium CytAssist 워크플로우를 통해 최고 수준의 데이터를 제공합니다.
응용 분야 (Applications)
- 암 연구: FFPE 종양 절편의 세포 수준 정밀 지도를 제공하며, 정상 인접 조직에서 Visium HD와 Visium v2의 벤치마킹 데이터를 포함하여 종양 이질성과 면역 회피 메커니즘에 대한 통찰을 제공합니다.
- 신경과학: 뇌 조직 내 유전자 발현을 고해상도로 시각화하여, 다양한 신경세포 및 교세포의 공간적 조직 구조와 역할을 이해하는 데 기여합니다.
- 면역학: 조직 내 면역세포의 공간 분포를 시각화함으로써, 면역세포 간 상호작용, 이동 경로 및 면역 반응에서의 역할을 연구할 수 있습니다.
사양: 샘플 준비 지침
Sample Type | Sample Amount | Preservation | Sample QC | Shipping |
FFPE block (recommended) |
| After embedding, store at 4°C, protected from light | DV200% ≥ 30% | 4°C or Room Temperature |
FFPE slide |
| Dry and sealed, storage time at 4°C < 14 days | DV200% ≥ 30% | 4°C or Room Temperature |
사양: 시퀀싱 및 분석
Visium CytAssist (V2) | Visium HD | |
Species | Human or Mouse | Human or Mouse |
Resolution | 55 um | 2 um (single cell level) |
Sequencing Platform | Illumina NovaSeq X plus | Illumina NovaSeq X plus |
Read Length | PE150 | PE150 |
Recommended Data Amount | 25,000 read pairs/ tissue-covered spot~ 50 Gb/sample | Coverage Area x 275,000,000 read pairs~ 100 Gb/sample |
Analysis |
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프로젝트 진행 과정
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데모 결과
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Figure 1. Spatial quantification of gene expression in bins
Space Ranger는 각 bin에서 각 유전자의 UMI를 카운팅하여, 샘플에 대한 bin-유전자 발현 행렬을 생성합니다. 데이터 품질 검증 (QC) 을 수행한 후, 아래 그림은 조직의 공간 영역 전반에 걸친 유전자별 UMI 분포를 보여줍니다.
Figure 2. Clustering analysis presentation: spatial distribution, tSNE and UMAP
Cluster_Spatial: 클러스터의 공간 분포 지도
Cluster_tSNE: 클러스터의 tSNE 기반 2차원 공간 표현 지도
Cluster_UMAP: 클러스터의 UMAP 기반 2차원 공간 표현 지도
Figure 3. t-SNE and UMAP dimensionality reduction of differentially expressed genes
각 클러스터에서 상위 4개의 발현 차등 유전자가 다양한 방식으로 시각화되었습니다. 해당 그림은 차등 발현 유전자의 t-SNE 및 UMAP 차원 축소 시각화를 보여줍니다.
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