서비스
Olink Proteomics
Olink Explore HT와 Olink Reveal은 근접 확장 분석(PEA) 기술을 기반으로 한 멀티플렉스 고처리량 바이오마커 분석 플랫폼입니다. PEA 기술은 항체 기반 면역 분석과 NGS 시퀑싱의 강력한 특성을 결합합니다. 이를 통해 최소한의 샘플 볼륨을 사용하면서도 뛰어난 특이성과 민감도를 갖춘 확장 가능한 다중 단백질 바이오마커 플랫폼을 제공합니다. Olink는 임상 연구의 다양한 영역에서 단백질체 프로파일링, 바이오마커 발견 및 메커니즘 인사이트를 제공합니다.
노보진은 Olink Explore HT와 Olink Reveal 서비스에 대한 공식 프로바이더입니다. (Certified Service Provider, CSP)
- l 저희는 Olink의 선도적인 프로테오믹스 플랫폼을 사용하여 처리량이 높고 고품질의 단백질 바이오마커 발굴 서비스를 제공하는 전 세계 최초의 제공업체 중 하나입니다.
- l Olink의 적합성 테스트를 통과함으로써, 저희 서비스 품질이 Olink의 엄격한 데이터 전달 기준과 일치함을 확인했습니다.
Olink Explore HT와 Olink Reveal의 주요 특징
Olink Explore HT | Olink Reveal | |
Target proteins | 5,400+ | 1,000+ |
Applications |
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Sample volume per reaction | 2 μL | 4 μL |
Sample number per run | 172+20 build-in QC samples | 86+10 build-in QC samples |
프로테오믹스 연구를 위해 Olink를 선택하는 이유는 무엇입니까?
- l 멀티플렉스: 샘플에서 최대 5,400개의 단백질 마커를 신속하게 검출합니다. 인구 규모 연구를 지원할 수 있습니다.
- l High sensitivity와 다이내믹한 검출 범위: fg/mL에서 mg/ml까지 검출 민감도. Dynamic range는10개의 로그에 걸쳐 있으며, 고농축, 중축 및 저농축 단백질의 전체 범위를 포함합니다.
- l Low-input 샘플 볼륨: 각 분석에는 2-4 μL의 샘플 매트릭스만 필요합니다. 데이터 재현성: 기술적인 반복이 필요 없으며, 질량 분석과 같은 전통적인 방법보다 훨씬 뛰어납니다.
- l High specificity: PEA 공정은 비특이적 결합을 피하기 위해 각 표적 단백질에 대해 두 개의 항체를 설계합니다.
- l Low abundance 혈장 단백질 검출: Olink는 샘플 전처리 과정에서 질량 분석법으로 놓칠 수 있는 저농도 혈장 단백질을 검출할 수 있습니다.
- l 임상 단백질 분석과의 높은 일치성: 항체 기반 면역분석은 임상 분석의 주류 기술이므로 번역 연구에 적합합니다.
영국 바이오뱅크 및 주요 바이오파마의 승인: 54,000명의 참가자에 대한 Olink 데이터는 영국 바이오뱅크에서 다운로드하여 연구할 수 있으며, 50만 명의 참가자에 대한 추가 데이터가 진행 중입니다.
샘플 준비방법
샘플 타입 | 샘플양 | 보관/운송 조건 | 기타 |
Serum/Plasma | 50 µL or more in 1.5mL tubes, or in 96 wellplate | 샘플 발송 시에는 드라이아이스를 충분히 담아 도착지까지 샘플이 녹지 않게 보내주셔야 합니다. | 샘플 추출 후에는 즉시 영하 80도에 보관을 권장합니다. 용혈은 분석 결과에 영향을 미칠 수 있습니다. |
기타 샘플 | CSF, lysates, etc.(이외 샘플은 별도문의) | ||
이외 샘플 문의나 더 많은 정보를 원하시면 별도문의 주세요!
Olink Explore HT & Reveal 워크플로우
샘플과 대조군은 96-Well 플레이트로 옮겨져 overnight 배양하는 동안 항체가 각각의 표적 단백질에 결합합니다. 항체에 부착된 올리고뉴클레오티드는 근접하여 혼성화된 후 PCR 증폭을 통해 확장됩니다. 증폭 단계에서 각 샘플에 고유한 샘플 인덱스가 도입되어 라이브러리에 풀링할 수 있습니다. 그런 다음 라이브러리를 정제하고 시퀀싱합니다.
노보진은 샘플 준비, 라이브러리 프렙, 시퀀싱 및 데이터 품질 관리부터 BI분석에 이르기까지 고품질의 제품과 전문 서비스를 제공합니다. 각 단계는 높은 과학적 기준과 세심한 설계에 따라 수행되어 고품질의 연구 결과를 보장합니다.
더욱 다양한 기술 정보와 툴에 액세스하세요:
- Explore HT(링크: olink-explore-ht-assay-list.xlsx)
- 또는 Reveal(링크: https://olink.com/products/olink-reveal)
- 분석 목록 l Olink Insight에 가입 및 로그인하면 패스웨이 브라우저, 스터디 스케일 계산기 및 기타 프로테오믹스 도구에 액세스할 수 있으며, 글로벌 프로테오믹스 커뮤니티와의 소통할 수 있습니다.
프로테오믹스의 주요 출판논문
주요 출판 논문 탐색:https://olink.com/knowledge/publications
NPX 값을 사용한 데이터 정규화 및 품질 관리
NPX, 정규화된 단백질 발현은 Olink의 임의 단위로, Log2 스케일에 속합니다. 시퀀싱 후 raw data는 카운트로 변환되어 감지된 copy number를 기반으로 각 분석-샘플 조합에 정수 값을 할당합니다. 이러한 raw data 카운트는 NPX 값으로 변환되어 다양한 샘플 세트 내에서 단백질 수준 변화를 식별하고 단백질 마커를 설정할 수 있습니다. 일반적으로 NPX 값이 높을수록 단백질 농도가 높아집니다.
X축 = 샘플 이름 | Y축 = NPX 값 | 빨간색 표시줄 = QC 경고 샘플 | 파란색 막대 = QC 통과 샘플
단백질 발현의 주성분 분석 (PCA analysis)
주성분 분석(PCA)은 데이터셋의 차원을 줄여 대규모 데이터셋을 분석하는 통계 기법입니다. 이 분석에서는 PCA를 NPX 데이터 파일에 대해 수행하며, 모든 샘플을 선택된 주성분을 따라 산점도로 표시합니다. 샘플이 분리되어 있음을 보여주거나 관심 변수에 따라 군집화하는 데 유용할 수 있습니다. 또한 잠재적인 이상값 샘플을 식별하는 데에도 사용할 수 있습니다.
다른 색상의 점은 서로 다른 그룹을 나타냅니다. 샘플 간의 거리가 가까울수록 샘플 간의 유사성이 높아집니다.
단백질 표현 히트맵의 계층화 히트맵
계층화된 클러스터링(Heatmap)은 데이터 개요를 얻기 위해 사용되는 방법이며 단백질 프로필에 기초하여 유사한 샘플 또는 단백질 프로파일의 부분군을 식별하기 위해 사용되는 방법이다.이 분석은 종종 다른 단백질이나 샘플이 서로 인접해 있는 히트맵을 통해 시각화된 것으로 보인다. 단백질 발현 레벨은 히트맵에 색상 그래디언트를 사용하여 표현됩니다.
빨간색 색상은 NPX 발현 레벨과 파란색 색색은 NPX 발현 레벨과 파란색 색상을 나타냅니다.빨간색부터 파란색에서 NPX 값 범위를 작은 것으로 나타냅니다.
다르게 발현된 단백질의 Volcano plot
그룹 간 단백질 발현 수준의 비교는 t-test 또는 ANOVA를 사용하여 수행되며, 그 결과는 Volcano plot을 사용하여 시각화됩니다.
x축은 NPX를 나타냅니다. 두 그룹 간의 차이, y축은 -log(p-값) 값(기저 10)을 나타냅니다.
NPX.different= NPX.group1 – NPX.group2.
빨간색 점은 유의미한 차등 발현 단백질을 나타냅니다. 파란색 점은 유의미하지 않은 차등 발현 단백질을 나타냅니다.
GO enrichment 분석
GO는 모든 종의 유전자 분류 시스템을 통합하기 위해 주요 바이오 양식 분류 시스템을 통합하기 위한 주요 바이오 기술이다. 세 가지 주요 지점: 세포 구성 요소, 분자 기능, 생물학적 프로세스 및 생물학적 프로세스입니다. (padj < 0.05인 GO term은 유의미한 농축을 의미)
x축은 GO 용어를 나타내고 y축은 각 GO 용어의 농축 유의 수준을 나타내며, 이는 -log10(padj)으로 표시됩니다. 다양한 기능 카테고리는 다양한 색상으로 표시됩니다.
지금 데모 보고서를 요청하세요. (https://www.novogene.com/kr/contact-us/)