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서비스

단일 세포 유전자 발현 (scRNA)

단일 세포 시퀀싱은 벌크 전사체 분석을 뛰어넘어, 세포 다양성의 전체적인 복잡성을 밝힙니다. 이를 통해 연구자는 희귀 세포 유형, 세포 계통 (lineage) 관계, 이질적인 샘플을 연구하고, 개별 세포 기능을 정밀하게 분석할 수 있습니다. 심층적인 단일 세포 분석을 통해 새로운 표적 및 바이오마커를 효율적으로 발견하여 과학적 혁신을 가속화할 수 있습니다.

Novogene은 포괄적인 단일 세포 시퀀싱 솔루션을 제공합니다.

  • Single Cell 3′ 유전자 발현 분석
  • Single Cell 5′ 유전자 발현 분석
  • Single Cell 면역 프로파일링
  • Single Cell ATAC 그 외 다

그 외 다양한 분석 서비스 제공Novogene은 실험 설계 컨설팅, 온사이트 서비스, 라이브러리 제작, 시퀀싱 및 생물정보학 분석 보고서까지 전체 단일 세포 시퀀싱 프로세스를 지원합니다. 10x Genomics와 Illumina NGS 플랫폼의 공인 서비스 제공업체 (Certified Service Provider)로서, 최고 수준의 품질과 신뢰성을 보장합니다.

싱글셀 및 공간 오믹스
서비스 전단지 다운로드

응용 분야 (Applications)

  • 싱글셀 유전자 발현 (Single Cell Gene Expression): 개별 세포 수준에서 세포 이질성을 분석하고, 신규 타겟 및 바이오마커를 발굴합니다.
  • 싱글셀 면역 프로파일링 (Single Cell Immune Profiling): B세포 및 T세포 수용체의 전장 페어링(full-length pairing), 항원 특이성, 유전자 발현을 개별 세포 단위에서 동시에 분석합니다.
  • 싱글셀 ATAC (Single Cell ATAC): 세포 유형과 상태를 결정하는 크로마틴 접근성을 개별 세포 수준에서 분석하여, 유전자 조절 메커니즘을 보다 깊이 있게 이해할 수 있습니다.

*싱글셀 ATAC 멀티옴 서비스는 제공되지 않습니다.

사양: 샘플 요구사항

Sample Type

Service

Sample Amount

Cell Viability

Frozen single cell suspension*

Shipping with dry ice

Single Cells ≥ 1,000,000

Viability ≥ 80%, Diameter: 5-30 μm

** 동결된 싱글셀 샘플을 보내실 경우, 지정된 양식을 다운로드하여 작성한 후 함께 동봉해 주시기 바랍니다.

사양: 시퀀싱 및 분석

Sequencing Platform

Read Length

Pair-end 150bp

Recommended Data

20,000 – 50,000 read pairs/cell, around 120Gb/sample

Analysis

Cell Ranger & Analysis

Standard & Analysis

• Demultiplex BCL files from a sequencer into FASTQs.
• Summary metrics (sequencing quality, number of cells detected, the mean reads per cell, and the median genes detected per cell et al.).
• Alignment of reads to genome.
• Gene expression quantification.
• Clustering analysis.
• Differentially expression analysis between clusters.
• Visualization.

• Demultiplex BCL files from a sequencer into FASTQs.
• Alignment, UMI counting, Metrics summary.
• Identification of highly variable genes (HVGs).
• Cell subpopulation identification.
• Principal component analysis (PCA).
• Identify clusters of cells.
• Dimensionality reduction and visualization.
• Marker gene detection (Differentially expression analysis between clusters).
• GO/KEGG/Reactome enrichment.
• Functional annotation of transcription factors.
• Protein–protein interaction network analysis.

프로젝트 진행 과정

저희는 고객이 최상의 데이터 품질을 확보할 수 있도록 실험 설계부터 분석까지 전 과정을 지원하는 통합 서비스(end-to-end) 를 제공합니다. 이 서비스에는 실험 설계를 위한 전문가 상담, 샘플 준비, 라이브러리 제작, 시퀀싱, 데이터 품질 관리 및 생물정보학 분석이 포함됩니다.

표준 분석 패키지는 세포 군집 식별과 차등 유전자 발현 분석을 포함하며, 연구자들이 보다 깊이 있는 과학적 통찰력을 얻어 연구를 발전시킬 수 있도록 지원합니다. 또한, Cell Ranger 분석 파이프라인을 활용하여 원시 시퀀싱 데이터를 철저한 품질 관리, 정밀한 정렬, 정확한 정량화 과정을 거쳐 의미 있는 연구 결과로 변환합니다.

또한, 저희는 300종이 넘는 다양한 생물종과 샘플 유형을 분석한 풍부한 경험을 보유하고 있습니다. 전통적인 모델 생물뿐만 아니라 시베리아 호랑이, 거북, 폐어(lungfish)와 같은 희귀하고 독특한 생물종까지 폭넓게 연구해왔으며, 이를 바탕으로 더욱 정확하고 신뢰할 수 있는 분석 결과를 제공합니다.


Novogene 단일 세포 유전자 발현 서비스 활용 대표 연구 논문

Single-Cell Transcriptome of Wet AMD Patient-Derived Endothelial Cells in Angiogenic Sprouting

Journal: International Journal of Molecular SciencesIssue   Date: Oct 2024IF: 6.2   DOI: https://doi.org/10.3390/ijms232012549
Reference information
Yeo NJY, Wazny V, Nguyen NLU, Ng CY, Wu KX, Fan Q, Cheung CMG, Cheung C. Single-Cell Transcriptome of Wet AMD Patient-Derived Endothelial Cells in Angiogenic Sprouting. Int J Mol Sci. 2022 Oct 19;23(20):12549. DOI: 10.3390/ijms232012549. PMID: 36293401; PMCID: PMC9604336.

Single-nucleus sequencing deciphers developmental trajectories in rice pistils

Journal: Development CellIssue   Date: April 06 2023IF: 11.8   DOI: https://doi.org/10.1016/j.devcel.2023.03.004
Reference information
Li C, Zhang S, Yan X, Cheng P, Yu H. Single-nucleus sequencing deciphers developmental trajectories in rice pistils. Dev Cell. 2023 Apr 24;58(8):694-708.e4. DOI: 10.1016/j.devcel.2023.03.004. Epub 2023 Apr 6. PMID: 37028425.

Onco-fetal Reprogramming of Endothelial Cells Drives Immunosuppressive Macrophages in Hepatocellular Carcinoma

Journal: CellIssue   Date: Oct 15，2020IF: 31.398   DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.08.040
Reference information
Sharma, A., Seow, J., Dutertre, C. A., Pai, R., Blériot, C., Mishra, A., Wong, R., Singh, G., Sudhagar, S., Khalilnezhad, S., Erdal, S., Teo, H. M., Khalilnezhad, A., Chakarov, S., Lim, T., Fui, A., Chieh, A., Chung, C. P., Bonney, G. K., Goh, B. K., … DasGupta, R. (2020). Onco-fetal Reprogramming of Endothelial Cells Drives Immunosuppressive Macrophages in Hepatocellular Carcinoma. Cell, 183(2), 377–394.e21.

Single-cell RNA-sequencing atlas reveals an MDK-dependent immunosuppressive environment in ErbB pathway-mutated gallbladder cancer

Journal: Journal of HepatologyIssue   Date: Jun 22， 2021IF: 25.083   DOI: https://doi.org/10.1016/j.jhep.2021.06.023
Reference Information
Zhang, Y., Zuo, C., Liu, L., Hu, Y., Yang, B., Qiu, S., Li, Y., Cao, D., Ju, Z., Ge, J., Wang, Q., Wang, T., Bai, L., Yang, Y., Li, G., Shao, Z., Gao, Y., Li, Y., Bian, R., Miao, H., … Liu, Y. (2021). Single-cell RNA-sequencing atlas reveals an MDK-dependent immunosuppressive environment in ErbB pathway-mutated gallbladder cancer. Journal of hepatology, 75(5), 1128–1141

Single-cell transcriptomic analysis reveals disparate effector differentiation pathways in human Treg compartment

Journal: Nature CommunicationsIssue   Date:Jun 23, 2021IF:14.919   DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-021-24213-6
Reference Information
Luo, Y., Xu, C., Wang, B., Niu, Q., Su, X., Bai, Y., Zhu, S., Zhao, C., Sun, Y., Wang, J., Liu, M., Sun, X., Song, G., Cui, H., Chen, X., Huang, H., Wang, H., Han, M., Jiang, E., Shi, L., … Feng, X. (2021). Single-cell transcriptomic analysis reveals disparate effector differentiation pathways in human Treg compartment. Nature communications, 12(1), 3913.

t-SNE and UMAP plots

Figure 1.  The t-SNE and UMAP plots.

참고: 각 점은 개별 세포를 나타내며, 각 색상은 클러스터를 의미합니다.

시각화를 위해 t-분포 확률적 이웃 임베딩(t-SNE) 및 균일 매니폴드 근사 및 투영(UMAP)을 사용하여 차원을 2D로 추가 축소하였습니다. 두 기법은 고차원 공간에서 이웃 간의 관계를 보존하면서 저차원 표현을 찾는 방식입니다. t-SNE와 비교할 때, UMAP은 보다 밀집된 클러스터를 형성하며 클러스터 간의 간격이 더 넓게 나타나는 경향이 있습니다.



Expression Pattern of Marker Genes

Figure 2. Expression Pattern of Marker Genes

Note: 참고: 진한 빨간색은 높은 발현 수준을, 진한 파란색은 낮은 발현 수준을 나타냅니다.

히트맵은 특정 세포와 특징에 대한 지정된 마커 유전자의 발현을 보여줍니다. 본 분석에서는 각 클러스터별 상위 10개의 마커(또는 10개 미만일 경우 모든 마커)를 시각화하였습니다.



Expression Level of Marker Genes

Figure 3. Expression Level of Marker Genes
Note: The X-axis represents the cluster, and the Y-axis represents the expression level.

바이올린 플롯은 모든 클러스터에서 마커 유전자의 상대적인 발현 수준을 보여줍니다. (여기에서는 6개의 마커 유전자만 표시됨)

단일 세포 롱 리드 전사체 분석

추가 서비스

Visium FFPE 공간 전사체 분석

Stereo-seq

Xenium In Situ 플랫폼

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